A Engenho 9 possui em seu quadro técnico, profissionais com títulos de especialização, mestrado e doutorado, ligados à área de pesquisas científicas e tecnológicas, em parceria com instituições de ensino e pesquisa. São firmados convênios tecnológicos com essas instituições para pesquisa e desenvolvimento de soluções para redução dos impactos ambientais, tais como:
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Processo de pirólise de biomassa e resíduos (Processo "Pyrolix", dep. Patente INPI número PI 0903587-7, em co-titularidade com UFMG e FAPEMIG);
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Processo de gaseificação de biomassa em gaseificador tipo "down draft";
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Processos de tratamento de efluentes com estruturas flexíveis e recuperação energética;
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Processos para desenvolvimento de biocombustíveis provenientes da reciclagem de resíduos sólidos.